El control de calidad interno se realiza diariamente en todos los equipos, previo al análisis de las muestras de pacientes. Estos controles son sustancias con concentraciones conocidas de al menos dos niveles: Uno que tenga en cuenta el nivel de decisión clínica, (que permite diferenciar entre estados de salud y enfermedad) y otro que monitorea niveles francamente patológicos.

Una vez procesado el control de calidad interno este es interpretado por el operador del equipo quien aplica los criterios de aceptación y rechazo que luego son confirmados por un Supervisor de Procesos.

Solamente cuando los controles de calidad han sido aprobados las muestras de pacientes podrán ser procesadas, caso contrario se establece un análisis y la consecuente corrección y acción correctiva